Mustafa İslamoğlu, 28 Ekim 1960 senesinde Kayseri'nin bir ilçesi olan Develi'de dünyaya geldi. İlk ve orta eğitimini doğduğu ilçede yaptı. Kendisi ilk hocasının babası olduğunu, ilk Arapça ve temel İslami ilimlerini ondan aldığını söyler. Yüksek öğrenimine, ilk önce Kayseri Yüksek İslam Enstitüsü'nde başlamış, akabinde İlahiyat Fakültesi'nde, daha sonra da Kahire, el-Ezher Üniversitesi'nde İslam Hukuku Fakültesi'nde sürdürmüştür.
Yazın hayatına edebiyatla başlamış, ilk makalelerini 1980'de Milli Gazete'de, daha sonra 1982-83 yılları arasında Yeni Devir gazetesinde yayınlamıştır. Edebi ürünlerini ise Mavera, Aylık Dergi ve Dergah gibi yayın organlarında yayımlamış ve üniversiteler arası şiir yarışması birincilik ve ikincilik ödülleri almıştır.
Mustafa İslamoğlu'nun şiirlerinden oluşan ilk kitabı Heyelan, 1987 yılında Aylık Dergi Yayınları tarafından yayınlandı. 1989 yılında ise İslami hareket önderleriyle yaptığı söyleşiler Öncülerle Konuşmalar adı altında kitaplaştırıldı.
Kahire'de eğitim için bulunduğu yıllarda bir yandan İslami araştırmalarda bulunmuş, bir yandan da dersler vermiştir. Burada, 1990 yılında İmamlar ve Sultanlar adlı İslam tarihinin ilk 150 yılını ele alan eleştirel tarih niteliğindeki ve kendisinin ilk araştırma ürünü olan eserini vermiştir. Aynı yıl, Yürek Devleti adıyla İslami Hareket Eleştirisi'ni de içinde barındıran ilk denemesini kaleme aldı ve aynı dönem Mısırlı yazar Safinaz Kazım'ın fi Mez'eleti's-Sufur vel Hicab adlı eserini, Kadının Özgürlüğü adıyla tercüme ederek ilk çevirisini de yayımlamış oldu. İlk cildini Kahire'de diğer ciltlerini Türkiye'de kaleme aldığı Anadolu İslami Hareketleri(şimdiki adıyla:İslami Hareketler ve Kıyamlar Tarihi) serisini 1991-93 yılları arasında peşi peşine yayımlamıştır. Bu serinin ilk cildini Hasan Ali el-Beyyumi ile birlikte Arapça'ya çevirmiştir.
1993'de İman adlı eserini ve 1994 yılında geniş kapsamlı bir eleştiri niteliğindeki araştırma eseri olan Yahudileşme Temayülü adlı eserini verdi. Seminer notlarından oluşan Tavsiyeler I ve Tavsiyeler II de bu tarihlerde yayınlandı(1995-1998).
Kahire-Mekke hattında yazdığı şiirlerini Yasin adlı kitabında 1991 yılında toplamış, 1996 yılında ise tüm şiirlerini Divan adlı eserinde bir araya getirmiştir. Kahire'de verdiği tefsir derslerini bir konulu tefsir örneği olan Adayış Risalesi başlığı altında kitaplaştırmıştır.
1992 yılının Ekim ayından beri başlattığı tefsir dersleri, 15 yıldır devam etmekte ve bu dersler Tefsir Dersi adlı siteden canlı olarak izlenebilmektedir. Yine 1998'de başlayan Tefsiru-l-Kur'an Te'vilu'l-furkan adlı görüntülü ve sesli tefsir projesinde bugüne kadar 170'den fazla ders yayımlamıştır. Proje,Kur'an'ın tamamının görüntülü olarak tefsirini hedeflemiş ve 2008 yılında tamamlanmıştır.
Görüntülü tefsir ile birlikte başlayan Gerekçeli Meal adı verilen Kuran'ın Türkçe tercüme çalışması da yukarıdaki projeyle eş zamanlı olarak yürütülmüş ve aynı tarihte tamamlanmıştır.
Mustafa İslamoğlu, kimilerinde halen yazmaya devam ettiği Anadolu'da Vakit, Selam, Ribat, Yeni Şafak, Meydan, Aylık Dergi gibi gazete ve dergilerde yayınlanan makalelerini Makalat, Şafak Yazıları, Dağarcık, Yokluğunda Düşülmüş Notlar, Savaş Kesmeyen Sözler, Sözün Gücü mü, Gücün Sözü mü, Yerliler ve Yersizler, Ayetlerin Işığında isimleriyle kitaplaştırmıştır. Ayrıca kendisiyle yapılan söyleşiler, Söyleşiler I ve Bir Yaradan Kurşun Çıkarır Gibi adlarıyla yayımlandı.
Mustafa İslamoğlu, bir gazetede yazdığı makale nedeniyle 1 yıl ve Ankara'da kapalı bir forumda sunduğu Kürt Sorununa Islami Çözüm başlıklı tebliğinden dolayı 1.5 yıl olmak üzere toplam 2.5 yıllık Gölcük Cezaevi'nde başlayan mahkumiyetini, Ankara Yarıaçık Cezaevi'nde tamamlamıştır. Cezaevinde çok zor şartlar altında Macar Oryantalist Ignaz Goldziher'in De Richtungen der İslamichen Koranauslegung adlı eserini, Arapça tercümesinden Türkçe'ye çevirdi. 1997 yılında Human Rights Watch Helmann-Hammet 1997 ödülünü aldı.
Yazarın bunlardan başka II. Uluslararası Fetih Sempozyumu'nda sunduğu tebliğ, 1997 yılında Yürek Fethi adıyla kitaplaştı. Mekke'de kaleme aldığı Hac Risalesi 1998'de yayımlandı. Aralık 2000 tarihinde dini çevrelerde hayli ses getiren eseri Üç Muhammed'i yayımladı.Amerika/Atlanta'da verdiği seminerler, 2001'de Hayatın Yeniden İnşası İçin adıyla yayımlandı.Bunu 2000 yılında yayımladığı Ne Yapmalı-Nasıl Yapmalı-Kiminle Yapmalı adlı eseri takip etti. Yazar, 1983 yılında kaleme aldığı Seyrani adlı ilk edebi kitap çalışmasını 2002'de yayımladı. Allah: Tanımak-Bilmek-Anlamak adlı eser, yazarın yayımlanmış son kitabıdır. Yazar, İslami İlimler Akademisi'nde tefsir usulü dersleri vermekte ve Anadolu'da Vakit gazetesinde köşe yazarlığı yapmaktadır. Ayrıca yazarın konferans, seminer, hutbe ve konuşmalarından oluşan onlarca görüntülü eseri bulunmaktadır.
Yazar, evli ve beş çocuk babasıdır.